以杨祝良研究员为首的科研团队，将外部形态、显微结构、超微特征、生态性状和分子系统发育证据相结合，深入系统地研究了重要经济蘑菇代表类群的系统亲缘、多样性与新资源。在国际上率先研究牛肝菌科高级阶元的系统亲缘，首次提出牛肝菌科高级阶元的新分类系统；首次阐明色钉菇属物种分化与松科不同属或属内不同种宿主植物协同演化的关系；首次提出中国是羊肚菌属的现代物种多样性中心；构建了8科10余属物种多样性家谱，实现了我国部分重要蘑菇物种的精准分类，系统盘点了我国的药用真菌，揭示了一批蘑菇新资源，发现具有重要经济价值的蘑菇4新亚科、3新属和24新种。该项目在SCI收录期刊上发表系列原创性核心研究论文共18篇，其中9篇为JCR前10%的期刊，总影响因子达81.338。研究成果被国内外同行认可，并被New Phytologist、Fungal Diversity、Methods in Ecology and Evolution、Mycologia等国际主流期刊他引245次，国内核心期刊他引267次。